Struktur organisasi PKN STAN menjadi salah satu hal penting dan tidak terpisahkan dari sebuah organisasi apapun, termasuk institusi pendidikan. Adanya struktur organisasi akan membuat pembagian tugas makin terlaksana dengan baik dan berbagai hak serta kewajiban tiap anggota diketahui dan didapat secara adil. Struktur organisasi dalam sebuah perguruan tinggi juga akan memudahkan para mahasiswa dalam menjalankan proses pembelajaran. PKN STAN sendiri dikepalai oleh seorang direktur, kepala sekretariat serta beberapa kepala sub bagian atau kasubbag. Semuanya memiliki hirarki jabatan yang jelas sehingga pembagian tugas bisa terlaksana secara maksimal.
Jabatan direktur di STAN saat ini dipegang oleh Kusmanadji. Di bawah direktur terdapat kepala sekretariat yang hingga kini jabatan tersebut dipegang oleh Agus Sunarya Sulaeman. Tiga kepala sub bagian yang membawahi direktur serta kepala sekretariat berturut turut adalah kasubbag di bidang tata usaha serta keuangan, peralatan dan kepegawaian hingga perpustakaan. Kasubbag bidang tata usaha serta keuangan ialah Budi Waluyo. Sementara kasubbag bidang peralatan dan kepegawaian adalah Pratin. Terakhir, jabatan kasubbag di bidang perpustakaan adalah Tuti Hadiyanti. Di bawah ketiga kasubbag ini barulah terdapat kasubbag lainnya di bidang pendidikan, mulai dari pendidikan akuntansi, ajun akuntan hingga pembantu akuntan.
Yang pertama adalah kepala dalam bidang akademis untuk pendidikan akuntan yang dipegang oleh Akhmad Priharjanto. Bidang ini memiliki dua kasubbag yaitu tata laksana pendidikan khusus akuntan serta pengembangan pendidikan khusus akuntan, masing-masing dikepalai oleh Ridwan Galela serta Agus Nugroho. Selanjutnya ada kepala dalam bidang akademis khusus untuk pendidikan menjadi ajun akuntan, yang bernama Fadlil Usman. Terdapat dua kasubbag pula di sini yaitu tata laksana pendidikan khusus ajun akuntn dan pengembangan pendidikan khusus ajun akuntan, masing-masing adalah Budiasih Widiastuti serta Ali Biswan. Terakhir, ada kepala dalam bidang akademis untuk pendidikan khusus pembantu akuntan, yaitu Widya Novita. Dua kasubbag di dalamnya, sama seperti dua kasubbag di atas, bernama Wuljo Orthopadinata dan Chairul Setiawan. Demikian struktur organisasi PKN STAN.
